```{r}
1 + 1
```## [1] 2Appendix B — Quarto
B.1 Quarto とは
Quartoはプログラミングコードを含んだレポートやスライドを作成するためのツールです. これによって, 研究者が再現可能なドキュメントを簡単に作成できるようになっています. Quartoは, .qmd という拡張子のファイルにあるコードを実行し, Markdown (.md) 形式のドキュメントを生成します. さらに, pandoc というツールを使って, HTMLやPDF, Microsoft Word, Typstなどの様々な形式に変換することができます.
B.2 Markdown 記法
コードの実行については後の章で説明しますが, まずはMarkdown記法について簡単に説明します.
Heading (見出し)
Input
# Heading 1
## Heading 2
### Heading 3Output
Heading 1
Heading 2
Heading 3
# の個数で見出しのレベルが決まります. HTMLのルールとして, h1 はそのページのタイトルに使うことが推奨されているため, 通常は h2 以降を見出しとして使います. Quartoの場合は, 後に紹介するYAMLフロントマターで指定したタイトルが h1 として扱われるため, 基本的には h2 以降を使ってください.1
改行とパラグラフ
アカデミックな文章では, 改行は段落の区切りを意味します. Markdownでは, パラグラフを明示的に区切るために, 空行を入れる必要があります. 逆に, markdown上で改行しているだけでは, 出力上では改行されません.
Input
吾輩は猫である.
名前はまだない.
どこで生れたかとんと見当がつかぬ.Output
吾輩は猫である. 名前はまだない.
どこで生れたかとんと見当がつかぬ.
強調
Markdownでは必要最小限の以下の三つの装飾が用意されています.
Input
**太字** か __太字__ と書きます.
*斜体* か _斜体_ と書きます.
***太字かつ斜体*** か ___太字かつ斜体___
~~打ち消し線~~ はあまり使いません.Output
太字 か 太字 と書きます.
斜体 か 斜体 と書きます.
太字かつ斜体 か 太字かつ斜体
打ち消し線 はあまり使いません.
リンク
箇条書き
番号付きでないものは - や * を使って箇条書きにできます. ネストも可能です.
Input
- 項目1
- 項目2
- 項目2.1
- 項目2.2
- 項目3Output
- 項目1
- 項目2
- 項目2.1
- 項目2.2
- 項目3
番号つきのものは, 数字を使います. なお, 全ての行で 1. と書いても, 出力上では正しい番号になります.
Input
1. 項目1
1. 項目2
1. 項目2.1
1. 項目2.2
1. 項目3Output
- 項目1
- 項目2
- 項目2.1
- 項目2.2
- 項目3
図の挿入
Input
Output
ここでパスという概念が重要になります. Quartoでは, ドキュメントのルートディレクトリを基準にして画像ファイルを指定します. 基本的には, .qmd ファイルと同じ階層に img というフォルダを作り, そこに画像ファイルを入れるのが一般的です. 例えば, report.qmd と同じ階層に img/hokusai_kanagawa.jpg というファイルがある場合は,  と書くことで画像を挿入できます.
表の挿入
Input
| Default | Left | Right | Center |
|---------|:-----|------:|:------:|
| 12 | 12 | 12 | 12 |
| 123 | 123 | 123 | 123 |
: 表のタイトルOutput
| Default | Left | Right | Center |
|---|---|---|---|
| 12 | 12 | 12 | 12 |
| 123 | 123 | 123 | 123 |
Markdownでは, | と - を使って表を作ることができます. さらに, : を使うことで, 列の位置を指定することもできます. デフォルトでは, 列は全て左寄せになりますが, :--- と書くと左寄せ, ---: と書くと右寄せ, :---: と書くと中央寄せになります. GUIツールで表を作ってmarkdwon形式でエクスポートするサービスとして, Tables Generator などがあります.
B.3 \(\LaTeX\) Math 記法
Markdownでは \(\LaTeX\) という組版ソフトの数式記法を使って数式を表現することができます. 数式は, $...$ で囲むとインライン数式, $$...$$ で囲むとブロック数式 (改行して中央揃え) になります.
Input
$e^{i\pi} + 1 = 0$ は最も美しい数式だ.Output
\(e^{i\pi} + 1 = 0\) は最も美しい数式だ.
ラマヌジャンの円周率公式は次の通り:
$$
\frac{1}{\pi}=\frac{2 \sqrt{2}}{99^2}
\sum_{n=0}^{\infty} \frac{(4 n)!}{(n!)^4}
\frac{26390 n+1103}{396^{4 n}}
$$ラマヌジャンの円周率公式は次の通り:
\[ \frac{1}{\pi}=\frac{2 \sqrt{2}}{99^2} \sum_{n=0}^{\infty} \frac{(4 n)!}{(n!)^4} \frac{26390 n+1103}{396^{4 n}} \]
B.4 Quarto 記法
ここからは Quarto独自の記法についての説明です. 引用と文献情報については 文献と引用 の章で説明します.
Front Matter
---
title: タイトル
author: 著者名
date: 2026-04-01
format: typst
---
ここから本文Quartoのドキュメントでは, 冒頭に --- で囲まれたYAML形式のフロントマターを置くことができます. ここには, ドキュメントのタイトルや著者名, 日付などのメタデータを記述することができます. また, format というフィールドで, 出力形式を指定することもできます. 例えば, format: typst と書くと, Typst形式で出力されるようになります.
相互参照 (Cross Reference)
スライドでは必須ではありませんが, レポートなどを書く場合は, 図表番号や節番号を自動で管理できると便利です. Quartoでは, fig-xxxx, tbl-xxx, sec-xxx などの特別なラベルを貼ることで, それらの番号を自動で管理することができます.
{#fig-kanagawa}
@fig-kanagawa は葛飾北斎の有名な浮世絵である.Figure B.1 は葛飾北斎の有名な浮世絵である.
| fruit | price |
|--------|--------|
| apple | 2.05 |
| pear | 1.37 |
| orange | 3.09 |
: Fruit prices {#tbl-fruit}
@tbl-fruit は果物の値段を表している.| fruit | price |
|---|---|
| apple | 2.05 |
| pear | 1.37 |
| orange | 3.09 |
Table B.1 は果物の値段を表している.
基本的には, 特別な prefix (fig-, tbl-, sec- など) をつけたラベルを {#label} という形式で指定し, 本文中では @label と書くことで, その要素の番号を自動で参照することができます. その他の要素 (式や命題など) も同様の方法で参照できるので Quartoのドキュメント を参照してください.
B.5 コードの実行
Quartoの最大の特徴は, ドキュメントの中にコードを埋め込んで実行できることです. コードは, ```{r} で始まり ``` で終わる コードチャンク (code chunk) の中に書きます. コンパイルのたびにQuartoがそのコードを実行し, コードと結果をドキュメントに挿入します.2
チャンクの冒頭にある #| で始まる行は, チャンクオプション (chunk option) です. YAML形式で, そのチャンクの挙動を細かく制御します. 例えば次のチャンクには label と eval の2つのオプションが付いています.
```{r}
#| label: install-example
#| eval: false
install.packages("ggplot2")
```eval: false を指定しているので, このコードは表示されるだけで実行されません. install.packages() のように, コンパイルのたびに走らせたくないコードを載せるときに便利です. 実際, 上のチャンクには結果が表示されていないことを確かめてください. よく使うオプションは次の通りです.
label: チャンクにつける名前. 後述の相互参照で使います.echo: コード自体を出力に表示するか (true/false). 結果だけ見せたいときはfalseにします.eval: コードを実行するか.falseにすると, 上の例のように, コードは表示されるだけで実行されません.include: コードも結果も出力に含めるか.falseにすると, 実行はされますが何も表示されません (パッケージの読み込みなど, 裏方の処理に使います).warning/message: 警告やメッセージを表示するか.
B.6 コードと相互参照
前の「相互参照」の節では, 手で書いた画像やMarkdownの表に番号を振りました. コードが生成する図や表にも, 同じ仕組みがそのまま使えます.
ggplot2 による図
コードで生成する図には, チャンクオプションの #| label: を fig- で始め, #| fig-cap: でキャプションを付けます. 図そのものに {#...} を付ける必要はありません.
```{r}
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "くちばしの長さとひれの長さの関係"
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_len, y = bill_len, color = species)) +
geom_point() +
labs(
x = "Flipper length (mm)",
y = "Bill length (mm)",
color = "Species"
)
```
本文で @fig-penguins と書くと Figure B.2 のように参照できます. 図番号は出現順に自動で振られるので, 図を増やしたり順番を入れ替えたりしても番号がずれません.
tinytable による表
表も同様に, チャンクラベルを tbl- で始め, #| tbl-cap: でキャプションを付けます. tinytable では tt(caption = ...) よりも, このチャンクオプションを使う方が相互参照が確実に効きます.
```{r}
#| label: tbl-penguins
#| tbl-cap: "ペンギンの種類ごとの平均値"
penguins |>
summarize(
bill_len = mean(bill_len, na.rm = TRUE),
flipper_len = mean(flipper_len, na.rm = TRUE),
.by = species
) |>
tt()
```| species | bill_len | flipper_len |
|---|---|---|
| Adelie | 38.79139 | 189.9536 |
| Gentoo | 47.50488 | 217.1870 |
| Chinstrap | 48.83382 | 195.8235 |
本文で @tbl-penguins と書くと Table B.2 のように参照できます.
B.7 インラインコード
文章の途中に計算結果を埋め込みたいときは, インラインコード (inline code) を使います. バッククォートの中で r に続けて式を書くと, コンパイル時にその評価結果が文章に挿入されます.
Input
円周率はおよそ `r round(pi, 2)` です.Output
円周率はおよそ 3.14 です.
数値を直接書く代わりにインラインコードで書いておくと, データが変わっても本文中の数値が自動で更新されます. 例えば「ペンギンのサンプルサイズは 344 である」のように書いておけば, データを差し替えたときに数値が追従するので, 書き間違いや更新漏れを防げます.
演習問題
この章の演習は, 実際に小さな .qmd を書きながら進めます. VSCode か RStudio で report.qmd という新しいファイルを作り, 各問題の指示にそって少しずつ書き足していきましょう. 一区切りごとにレンダリングして, 意図した見た目になっているかを確認してください. レンダリングは, RStudio や VSCode の Render ボタンを押すか, ターミナルで quarto render report.qmd を実行します. 解答例は畳んであるので, 開く前にまず自分で書いてみましょう.
まず, ドキュメントの骨組みを作ります. report.qmd の冒頭に, タイトル・著者名・日付を持つ YAML フロントマターを書き, 出力形式を HTML に指定してください. その下に見出しを1つと短い段落を1つ書いて, HTML にレンダリングしてみましょう.
Tip解答例
---
title: ペンギンデータの分析
author: 山田太郎
date: 2026-04-01
format: html
---
## はじめに
このレポートでは, Palmer ペンギンのデータを分析します.format: html の代わりに format: pdf や format: typst と書けば, 同じ原稿から別の形式で出力できます. タイトルはフロントマターの title が h1 として扱われるので, 本文の見出しは ## (h2) から始めます.
次に, Markdown 記法の練習です. さきほどの段落に続けて, 太字とリンクを1つずつ含む文と, 3項目の箇条書きを書いてください. 箇条書きのうち1項目は, さらにネストした子項目を持たせてみましょう.
Tip解答例
このデータは [Palmer Station LTER](https://pallter.marine.rutgers.edu/) が収集した **実データ** です. 次の3種のペンギンが含まれます.
- Adelie
- Chinstrap
- Gentoo
- Biscoe 島でのみ観測されます太字は **...**, リンクは [表示テキスト](URL) でした. ネストは, 親項目の下でスペース4つ分字下げします.
コードが生成する図に, 番号を振って相互参照します. penguins データで, くちばしの長さとひれの長さの散布図を描くコードチャンクを追加してください. チャンクラベルを fig- で始め, fig-cap でキャプションを付け, 本文から @ で参照しましょう.
Tip解答例
チャンクの冒頭 (setup チャンクなど) で library(dplyr) と library(ggplot2) を読み込んでおきます. そのうえで, 次のチャンクを本文に追加します.
```{r}
#| label: fig-penguins-scatter
#| fig-cap: "くちばしの長さとひれの長さの関係"
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_len, y = bill_len, color = species)) +
geom_point() +
labs(
x = "Flipper length (mm)",
y = "Bill length (mm)",
color = "Species"
)
```本文には「散布図を @fig-penguins-scatter に示します.」のように書きます. ラベルを fig- で始めるのが約束で, 図番号は出現順に自動で振られます.
最後に, 集計表とインラインコードを足します. 種ごとの平均値を tinytable で表にし, tbl- ラベルを付けて相互参照してください. さらに, サンプルサイズを本文にインラインコードで埋め込みましょう.
Tip解答例
setup チャンクで library(tinytable) も読み込んでおき, 次のチャンクを追加します.
```{r}
#| label: tbl-penguins-mean
#| tbl-cap: "種ごとの平均値"
penguins |>
summarize(
bill_len = mean(bill_len, na.rm = TRUE),
flipper_len = mean(flipper_len, na.rm = TRUE),
.by = species
) |>
tt()
```本文には次のように書きます.
種ごとの平均値を @tbl-penguins-mean にまとめました. 分析に使ったサンプルサイズは 344 です.表番号も tbl- ラベルで自動管理され, インラインコードの 344 はレンダリング時に実際の行数へ置き換わります. データを差し替えても, 図・表・本文中の数値がすべて自動で追従します.